Prueba esto:
Código PHP:
<table width="602" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
<tr>
<?
$contador = 1;
while($registro=mysql_fetch_array($resultado)){
if ($contador > 3) {
echo "</tr><tr>";
$contador = 1;
}
?>
<td> <?php echo $registro["id"]; ?> </td>
<?
$contador++;
}
?>
</tr></table>