Yo en algunos casos para ser mas exacto las llevo y traigo del formato time() esto es en pantalla utilizo 2 o 3 textbox o donwlist para dia mes año y al momento de procesarlas la llevo a time con
mktime
ver:
http://www.php.net/manual/es/function.mktime.php
ahi vas a tener en formato time la fecha y puedes restarla contra otra de igual formato sin problemas.
luego con date la vuelvo a formato legible
ver:
http://www.php.net/manual/es/function.date.php
De pronto hay otras soluciones pero esta me ha funcionado bien. Fijate que en los mismos links a tu izquierda tienes mas funciones de fecha para php :) saludos