Suponiendo que tu descuento este entre 0 y 1, por ejemplo .2=20% entonces:
Código PHP:
$total=$precio-($precio*$descuento);
si tu descuento esta entre 0 y 100 pues primero dividelo entre 100 y luego ya haces la operacion.
(No se si este bien la sintaxis, pero creo que se entiende la idea).
Saludos xD