Las diferencias son la calidad del servicio que te ofrece la empresa, seguridad, facilidad de uso y ese tipo de cosas. Lo que es el dominio "funciona" igual si lo registras en un sitio que en otro.
Si sabes (al menos un poco de) inglés
www.godaddy.com es un buen sitio, también
www.moniker.com y algún otro como
www.enom.com www.namecheap.com o
www.dynadot.com son buenas elecciones. En cualquiera de esos sitios no tendrás problemas.
No suele ser buena idea registrarlo en sitios que te digan que te "regalan" el dominio si contratas el alojamiento con ellos. Busca empresas (grandes, conocidas y con buena reputación) que se dediquen primordialmente a los dominios y no a vender alojamiento u otras cosas.