Sobre lo primero, hay que saber qué versión de Adobe manejas, supongo que la composición primera es en After y quieres pasarlo a Premiere, bueno, hay que saber qué versión del programa manejas.
El efecto que mencionas, parece un parche negro sobre el video, eso parece a simple vista. (hay que mover el parche con el video)
Lo último, es relativamente simple, la idea básica es poder traquear las coordenadas de la cámara y poder pasar esos datos a algún otro programa, es decir, tienes la toma, sacas el movimiento de la cámara con el boujou y esos datos los metes por ejemplo a 3dmax y ahí combinas las composiciones... Viendo el Vtuto de Robayo de cómo usar el Boujou, me deja la inquietud de hacer uno menos enredado
... Algún día de estos :P