Pues hasta ahora lo mejor es exportar la secuencia png y esa importarla como clip de película, no se si el Vegas te permita trabajar con una secuencia dentro de un clip y no todos los cuadros... Y efectivamente, el PArticle no es lo mejor para exportar una película final, por eso lo recomendable es exportar la secuencia y esa usarla en el editor de video... a menos que en la siguiente versión del PI ya te permita exportar en video con transparencia, pero como no existe eso por ahora, lo mejor es como te digo.
... Cuando guardas secuencias PNG se te cae el programa también?
Por cierto, en algunos de los ejemplos que tienes no manejas profundidad, el PI solo te genera partículas, pero usarlo como editor, pues la verdad no, mejor trabájalo con el vegas y usa varias capas, se nota mucho el vide debajo y la partícula encima :P
