Lo de las minúsculas y mayúsculas depende de otra cosita, del servidor.
Dependiendo del servidor se pueden usar otros nombres para la página de inicio, por ejemplo default.html
A medida que avanzas no siempre tus archivos van a usar la extensión html. Si tu sitio comienza a crecer vas a comenzar a utilizar por ejemplo scripts php por lo que los index serán index.php.
Hablemos de lenguajes
¿Por qué menciono esto?
Porque más adelante necesitarás separar las cosas por carpetas por módulos, por ejemplo el sistema de foro en una carpeta, el envío de correos en otra...
Yo como manía utilizo una convención de nombres de archivo DeEstaManera.html lo cual permite tener nombres de archivo claros y sin espacios.
La separación de imágenes puede ser una opción, y se usa principalemente para poder reciclar las imagenes en diferentes lados y otra opción es tener las imágenes de un tema junto con su html en una carpeta, siempre y cuando el tema sea aislado y no necesites reclclarlas.
Y otra es si necesitas diferentes usuarios en diferentes secciones que tengan acceso a una carpeta y le puedan mover a su antojo, por ejemplo que tengan un acceso ftp específico.