Que tal Wiggly
Evidentemente no es lo mismo hacer un diagrama "en el vacío", desde "cero", donde puedes hacer lo que quieras a un contexto particular donde a) MVC y b) Zend Framework.
De todas formas recuerda siempre que UML es documentación al servicio del desarrollador / proyecto, no al revés. No tienes por qué hacer algo exacto, simplemente documentar las partes que te sirvan para discutir el diseño del sistema, las clases que tienes que implementar y las relaciones entre esas clases.
Consejo, piensa en Clases y no en Tablas, el final de la persistencia es otro problema, no de tu modelo POO (base de datos es modelo relacional).
Sobre las composiciones, agregaciones, etc, perfectamente lo puedes hacer, cuando sea necesario, no tienes por qué hacerlo de forma impuesta. Una de las cosas que se estilan hacer es que las clases de modelos no retornen un objeto de tipo Row, se arme una clase "de negocio" y ahí puedes tener una agregación de clases, y retornas una colección de objetos.
Pero no te tranques con eso, es mucho más simple,
usa los diagramas a tu favor, como apoyo, lo que no sirva diagramar, no lo diagrames.
Puedes agregar los controllers, o directamente preocuparte en diseñar en un diagrama UML lo que sucede en el modelo (lo que sería la construcción del "negocio").
Espero haber aportado un granito de arena.
Saludos!