kaslierx
Pues empieza viendo el código que usan los webmails que se han comentado .. Ahí aprenderas e incluso podras adaptar el diseño de alguno de ellos a tu sitio...
Si quieres classes para gestionar una cuenta POP3 pasate por:
www.phpclasses.org
Por lo menos usando alguna classe ya hecha para comunicarte con un servidor POP3 ya tendras medio camino hecho ...
Tambien puedes revisar las funciones de PHP para IMAP y afines:
http://www.php.net/manual/en/ref.imap.php
Un saludo,