Otra opción algo mas simple es hacer como en el ejemplo 6 que hay en la web de FPDF
http://www.fpdf.org/es/tutorial/tuto6.htm
Como puedes ver, después de definir las funciones para aplicar code html usar el estilo que quieras es tan simple como:
Código:
$html='Ahora puede imprimir fácilmente texto mezclando diferentes estilos: <b>negrita</b>, <i>itálica</i>,
<u>subrayado</u>, o ¡ <b><i><u>todos a la vez</u></i></b>!<br><br>También puede incluir enlaces en el
texto, como <a href="http://www.fpdf.org">www.fpdf.org</a>, o en una imagen: pulse en el logotipo.';
$pdf->WriteHTML($html);