Recuerda que PHP se ejecuta en diferentes ámbitos, cuando lo hace desde el WebServer es desde Apache por lo cual la configuración es diferente, y cuando es desde consola lo hace desde un ámbito totalmente diferente.
Tienes que pasarle en tu consola el path al php.ini usando el parámetro -c ej:
Código:
php -c /path/al/php.ini archivo.php
De esa forma le dices al programa en PHP que archivo de configuración utilizar.
Saludos.