Cita:
Iniciado por Tedel 
En simple:
Tu encabezado va en <header>.
Tu pie va en <footer>.
Tus artículos van en <section>.
Citas grandes de otras fuentes van en <article>.
Me parece que tanta simplcidad lleva a lo contrario del objetivo de la pregunta.
De acuerdo a la documentación de HTML 5 (Borrador de 20 de marzo de 2012)
Cita: The header element represents a group of introductory or navigational aids.
A header element is intended to usually contain the section's heading (an h1–h6 element or an hgroup element), but this is not required. The header element can also be used to wrap a section's table of contents, a search form, or any relevant logos.
Digamos que es correcto utilizarlo (<header>) para el encabezado de tu página Web pero también podría utilizarse en el encabezado de un articulo, una sección o cualquier otro elemento que introduzca una nueva sección.
Cita: The footer element represents a footer for its nearest ancestor sectioning content or sectioning root element. A footer typically contains information about its section such as who wrote it, links to related documents, copyright data, and the like.
When the footer element contains entire sections, they represent appendices, indexes, long colophons, verbose license agreements, and other such content.
Contact information for the author or editor of a section belongs in an address element, possibly itself inside a footer.
Footers don't necessarily have to appear at the end of a section, though they usually do.
When the nearest ancestor sectioning content or sectioning root element is the body element, then it applies to the whole page.
IDEM para <footer>. Puede usarse como bien dice la documentación para el pie del body o bien para cualquier otra sección del documento.
Mientras que <article> de acuerdo a la documentación:
Cita: The article element represents a self-contained composition in a document, page, application, or site and that is, in principle, independently distributable or reusable, e.g. in syndication. This could be a forum post, a magazine or newspaper article, a blog entry, a user-submitted comment, an interactive widget or gadget, or any other independent item of content.
Sería contenido relacionado y que se autodefina y represente un contenido independiente.
Mientras que las secciones (<section>) son un conjunto de contenidos sobre el mismo tema.
Cita: The section element represents a generic section of a document or application. A section, in this context, is a thematic grouping of content, typically with a heading.
Mientras que no nos confundamos, las citas siguen marcandose con las etiquetas <blockquotes>