En relación a usar medidas absolutas o porcentuales, no hay nada correcto o incorrecto. Por lo general, usar medidas fijas es más fácil que porcentuales. Pero no es ni mejor ni peor lo uno o lo otro.
Respecto a si está bien el código, sólo se te pueden dar consejos. Pero tampoco te obsesiones con idealizar código.
Respecto al ancho de 1000px, yo lo bajaría a 960px que es la medida más adecuada para una resolución de 1024px —se dice que entre 940 y 978 creo recordar. Es por evitar el scroll horizontal en ciertas casos.
En tu primer trozo de código en principio sólo aludir a que height:auto, no hace falta ponerlo ya que es el valor por defecto —a menos que venga heredando y traiga otra altura de algún otro sitio. Luego los márgenes, margin, puedes ponerlos en un sólo atributo —por ahorrar código.
Código CSS:
Ver originalmargin: 0 auto 0 auto;
/* O también así: */
margin: 0 auto;
Lo segundo que pones, la clase .PRINCIPAL, me parece un poco desastrosa. ¿Es para una cabecera? ¿Contenedor principal? A priori, si fuera para una de las dos cosas, mejor usar el código del primer ejemplo que has puesto. Aunque sin ver el contexto es fácil errar el análisis.
Usar posiciones absolutas habitualmente se reserva para cosas muy concretas. Es mejor trabajar dentro del flujo natural. Sobre todo si estás empezando —que presupongo que es tu caso— para evitar coger malos hábitos.