Como paso un app de Glassfish a Tomcat dentro de NetBeans?

[Oracles]

Llevo un mes trabajando con GlassFish 4, y hasta el momenot correcto, pero en cuanto he tenido que acceder a bases de datos (Derby) que viene con NetBeans 8, se conoce que tiene problemas con los JNDI y no hay manera de que se creen en el IDE y el Servidor a la vez, me toca crearlos de forma manual, de esa manera me ahorro unas cuantas excepciones, pero no guarda las cosas en la base de datos, se queda guardado en el limbo, también he probado a intalar MySQL pero tengo los mismo problemas con los JNDI de NetBeans 8 y GlasFish 4.

Al final he decidido gastar el TomCat, que ya lo había gastado antes con BBDD y no me daba problemas, y he hecho pruebas ahoras y lo que estoy haciendo ahora en Tomcat y MySQL no me da problemas, como puedo pasar este proyecto empezado en GlassFish al TomCat del NetBeans?

Es esto posible la abstracción de que se ejecute en cualquier servidor de aplicaciones es una vez compilado y extraido como WAR?

Gracias de antemano