Bueno vamos a ver que puede estarte pasando...
Este es un gráfico de una tarjeta madre (siempre y cuando no cambien el link donde lo encontre):
En la parte donde se ve EIDE, es donde va la banda IDE para el HD. Se que es básico lo que estoy tratando de explicarte pero hay que tomar en cuenta todo. Donde se conecta la banda IDE a la motherboard, tiene una guía... en la motherboard vas a ver una pequeña fleca o triangulo donde indica debe ir el PIN 1 de la band IDE y para identificar dicho PIN en la banda, es en el extremo donde esta marcado de rojo (lo más general) azul o negro. En esta figura la guía es negra.
La banda tiene 3 conectores lógicamente 1 es el de la tarjeta madre y los otros 2 para dispositivos IDE, hay tarjetas madres medio quisquillosas o HD que exigen un orden de postura, o sea, que el otro extremo sea para el dispositivo maestro y el del centro para el esclavo, intenta esa convinación. En el caso del gráfico, supone que el extremo azul, va a la motherboard y el negro al HD quedando el gris para el CD-ROM.
Con algunos HD sucede algo similar donde tienen varias posibilidades de configuración en tu caso fijate si para ponerlo como maestro te muestra 2 posibilidades, MASTER y MASTER WITH SLAVE. Si en la misma banda vas a dejar el CD-ROM, debes dejar la segunda configuración.
También, debes estar seguro que el HD esté reconocido en el SETUP del BIOS ya que puede ser que tu BIOS no lo soporte teniendo que actualizarlo o bajando el DISK MANAGER de la web del fabricante del HD para que podas usarlo.
Cuando hagas esas pruebas con el HD, te recomiendo desconectar todos los dispositivos IDE e intentar solo con el de 80 para verificar que quede reconocido, si lo logras, vas conectando de uno en uno hasta que esten todos.
Como última observación, leyendo en varias web de fabricantes de dispositivos (específicamente CD-RW) aconsejan no dejar este dispositivo en la misma banda IDE del CD-ROM por lo que la configuración recomendada seria la siguiente:
IDE primario : HD MASTER
IDE primario : CD-ROM
IDE secundario: HD Master
IDE secundario: CD-RW