Ok,
Con este pequeño tutorial podrás ver como leer la estructura de datos de tu ".csv":
http://www.phpclasses.org/browse/package/1358.html
Así ya podrías hacer otras operaciones si necesitas con esos datos y acomodarlos para crear tu sentencia SQL y así actualizar tu BBDD.
Si te coincide el n° de columnas de tu .cvs con la estructura de tu tabla, tipos de datos y demás ... podrías usar:
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/LOAD_DATA.html
Por supuesto, el archivo en sí debes subirlo al servidor primero. ¿Eso sabes hacerlo ya (el "upload" del archivo .. o lo vas a subir por FTP u otro médio al servidor)?. En las FAQ's de este foro tienes ejemplos de esto.
Un saludo,
PD: usa el buscador del foro y google .. realmente salen muchos ejemplos si buscas por .csv ...