¿Has probado así?
SELECT pedidos.num_factura FROM pedidos WHERE pedidos.num_factura NOT IN (Select pedidos.num_factura FROM pedidos INNER JOIN auditoria ON pedidos.num_factura = auditoria.num_factura WHERE auditoria.id_enpoderde = 1)  GROUP BY pedidos.num_factura
 
Quizás será más rápida así:
 
SELECT pedidos.num_factura FROM pedidos WHERE pedidos.num_factura NOT IN (Select auditoria.num_factura FROM auditoria WHERE auditoria.id_enpoderde = 1) GROUP BY pedidos.num_factura
 
Podemos hacer una consulta tal vaz algo más rápida con LEFT JOIN
 
SELECT pedidos.num_factura FROM pedidos LEFT JOIN (Select auditoria.num_factura FAC FROM auditoria WHERE auditoria.id_enpoderde = 1)t1 ON  pedidos.num_factura = t1.FAC WHERE auditoria.num_factura IS NULL GROUP BY pedidos.num_factura
 
 
No lo he probado. Por cierto,imagino que tendrás indexado los campos auditoria.id_factura y pedidos.id_factura. Si no es así, seguro que ganas velocidad indexando esos campos 
   
 



