sql no mostrar registro si aparece en las 2 tablas.

[lexus]

hola
la estoy haciendo asi ya me muestra facturas
pero no esta mostrando las que son..
nose si estoy haciendo algo mal


SELECT pedidos.num_factura
FROM pedidos
WHERE pedidos.num_factura
NOT IN (Select pedidos.num_factura
FROM pedidos
INNER JOIN auditoria ON pedidos.num_factura = auditoria.num_factura
WHERE pedidos.id_enpoderde = 1 and pedidos.id_areaenpoderde = 3 AND pedidos.tipo_documento = 1)
GROUP BY pedidos.num_factura
Order by pedidos.id desc
limit 0,100


si los campos los tengo indexados. y necesito hacer limit tambien ya que hago paginaciones .

que sera que estoy hacinedo mal? depronto lo qeu pongo en negrita porque no corresponde a esa tabla?