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Que programa me recomiendan o se puede hacer online desde alguna web, el icono tiene que quedar transparente sin fondo

Utilizá photoshop, retirá lo que no sirva y guardalo con fondo transparente como png.

Es muy facil, te lo explico (yo tengo photoshop 7.0 pero me imagino que con todos sera igual):
Primero abres la imagen con fondo, despues pinchas en la herrarmienta con forma de "varita magica" que encontraras en el panel de herramientas a la izquierda, una vez hecho esto pinchas con la varita en el fondo de tu imagen y luego clicas con el boton derecho y dices "select inverse", despues copias (control+c) creas un archivo nuevo y pegas. luego te vas a "ayuda" o "help" (segun idioma) y le das a "export transparent image", luego solo tienes que seguir los pasos que te da el asistente. Si tienes alguna duda no dudes en postearla.
Imagenes de explicacion:

Pd: Hay mas formas de hacerlo, solo busca en google "imagen transparente photoshop", yo te pongo la que se, suerte!

Que tal la imagen que tengo esta asi, ya esta transparente, supuestamente deberian ser iconos ya que los descargue, pero son imagenes.png de 128x128, ahora como las exporto para q sean .ico?

Puedes seleccionar el contenido y copiar en un editor de íconos (hay muchos, como ArtIcons, MicroAngelo, etc.) aunque me temo que vaya a perder calidad.

Entoces no es posible crear un icono con fotoshop?