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Hola, tengo unos cuantos procesos que ejcuto con el corn job del cpanel, el problema viene, que hay un php que llama a unos scripts, que tengo adjuntado el archivo, pero no me hace la funcion que tienes que hacer ese javascript. En canvio cuando ejecuto yo el php manualmente si que lo hace.

Puede ser que no funcione bien porque al hacerse por el cron job no se puede llamar a javascript externos?? si pusiera el script dentro del php iria bien???

¿ Estas ejecutando javascript en el servidor ?
Me suena raro, lo normal es que se haga en PHP, PERL o similar.

Pero en fín, si es así lo más seguro es que no encuentre los ficheros externos por no tener bien definido el path. Ten en cuenta que cuando el PHP es lanzado por el servidor web tiene un directorio de trabajo determinado y cuando es lanzado por un cron probablemente tenga otro.
Yo te recomiendo que le pongas los paths absolutos. Serán algo así (depende del path de tu hosting): "/home/dani566/www/js"

Vuelvo a subir esto pk sigue sin irme, y como lo tengo ahora no me mola.

Os explico bien, que diria que no me entendisteis.

Yo desde el cronjob, llamo a un php, este php hace sus funciones bien(upload a la bd), vale entonces luego, tengo otro proceso, k lo k tiene k acer es cojer esa direccion k he guardado en la bd, entonces cn uno d estos registro, tengo k usar javascript, para poder cojer el contenido k hay dentro de un div(en los registro tengo guardado directamente codigo html), entonces una vez sacado el codigo k necesito, con el tipico getelementbyid, uso ajax, para enviar este campo a una pagina php, k actualice la base de datos.
Cuando hago esto por cronjobs, no se actualiza la base de datos, en cambio cuando lo hago desde un ordenador fisico si. Lo que hago ahora es poner en mi ordenador una tarea programada, k se abra esa pagina a tal hora, pero no me mola, pk puedo tener el ordenador apagado....

en teoria lo de los paths tendria k ser iwal, pk el php continua estando en el mismo sitio donde estan las otras paginas, y si va desde los ordenadores fisicos tendria k ir por cron, no??(aunk probe en poner ruta absoluta y nada).

Alguna ayuda??