Me pareció haber leido otra cosa.
No es igual lanzar una excepción que utilizar un MsgBox, eso tiene que ver con aspectos de rendimiento ya que las excepciones son mucho más lentas.
Ahora también depende en qué parte se encuentre dicha comparación o validación, ya que por ejm en una aplicación de 3 capas no puedes manejar (catch) dichas excepciones en los niveles, si es que se pueden llamar inferiores (como la capa de datos y negocios), esto es así más que todo para brindar información técnica a los desarrolladores de la capa de presentación o interfaz de usuario cuando se produzca un error.
Un artículo interesante sobre el rendimiento de aplicaciones:
http://msdn.microsoft.com/library/de...asp?frame=true
Saludos