Pues eso es simple... en DreamWeaver importas un archivo SWF y lo seleccionas, luego vas a la ventana de Properties y aprietas el boton Parameters que te muestra una ventana.
En esa ventana, bajo Parameter escribes
wmode y al lado (bajo Value) escribes
transparent.
Ahora, lo de ponerlo encima de la pagina se logra a traves de Layers o CSS, que el propio Dreamweaver puede manejar. Si necesitas mas informacion acerca de eso, usa el buscador del foro.
Eso es todo
