Ya te mencioné e insisto que -debes- conocer como propaga el SID tu configuración de PHP y como lo hace tu apliación...
Si no conoces que es el SID, pregunta .. o lee la documentación oficial de php:
www.php.net/session .. Pero, debes saber que "la magia" de que una sesión funcine y como se va comportar esta .. depende de la propagación del SID .. así que es necesario conocer todo esto .. sino luego vienen los "sustos".
También ayudaría ver el código de tus dos login de tus dos aplicaciones.
Un saludo,