Perdona, ahora que lo pienso, el problema no es la versión, sino que estás utilizando un theme que no es el que viene por defecto en el php-nuke. Así que las líneas estarán cambiadas. Puedes coger el theme por defecto del nuke?
De todas formas te intento explicar. Busca esto:
$public_msg = public_message();
echo "$public_msg<br>";
echo "</td></tr></table><table width=\"840\" cellpadding=\"0\" bgcolor=\"ffffff\" cellspacing=\"0\" border=\"0\">\n"
Tienes que buscar los mensajes públicos (public_message). Ahora te he puesto bgcolor=\"ffffff\" (que antes te había puesto negro y así no te sale). De todas formas no busques la cadena completa. con el theme que estás usando no sé indicarte en qué línea estará.