Si hablas de proteger una "carpeta" (directorio) .. una de tantos métodos es la autentificación HTTP:
http://www.php.net/manual/en/features.http-auth.php
Otros métodos son el uso de sesiones .. pero eso no protege "carpetas" enteras sino scripts (páginas) .. proteger otro tipo de archivos por este médio se hace con otras técnicas pero igualmente se puede hacer.
Un saludo,