Esos archivos no se pueden abrir por que son independientes en cada systema(PC) ya que son parte de windows y de seguro los intentas abrir con doble cilck o tal vez no son nativos de tu windows.(venian en un cd, los bajaste de internet, etc.),
Por ejemplo los archivos .cpl se abren con el panel de control y si no estan en la carpeta adecuada(system) no se pueden abrir ya que cuando accesas al panel de control la plantilla de hipertexto(htt) del panel de control por medio de un javascript busca estos archivos solo en system.
Por otra parte me parece que tu disco esta dañado o contiene errores, dale scandisk completo y repara los errores.
