Con los filtros ffdshow puedes hacerlo. Basta instalarlos, habilitar los codec de video que requieras (que serán los que usen tus videos) para que sea el ffdshow quien decodifique los videos, y luego entrar a su configuración y activar el filtro de video que pone un logo, en mis ffdshow se llama "bitmap overlay". De esta forma al reproducirlos, se pone el logo automáticamente.
Espero que te sirva
