En principio .. se trataría de usar los própios scripts de cPanel para hacer la taréa . .eso sí, gestionado su "llamada" directamente desde PHP vía Sockets donde PHP "simulará" ser un cliente más cualquiera ..
Un ejemplo tienes en este mensaje:
http://www.forosdelweb.com/f18/subdominios-desde-php-279720/
se usa para otra cosa .. pero la base está ahí .. el tema de autentificación HTTP y el uso de los sockets .. Por tu parte debes encontrar el scritp (CGI?) que crea la cuenta de e-mail y los datos que este requiere (lo puedes ver evaluando el formulario que usas para crear las cuentas donde se pide la dirección .. se ingresa el domino y se establece la quota).
Un saludo,