En el server de aplicacion solo es necesario que estén tus archivos como web.config, global.asax, directorio bin (con todas las dll´s que ocupaste) y tus archivos .aspx, y ascx, los .vb, .resx,proj,etc no los necesitas..
Si quieres hacer un setup puedes agrear a tu web app un proyecto de tipo web setup project para generar el msi, checalo, no es dificl usarlo y puedes incluir todo lo que desees.
Si tienes mas dudas por aqui andamos...
Salu2
