hacer webs modulares

[masterofpuppets]

hola, estoy dando mis primeros pasos con php, he aprendido un poco de includes que debo decir que son muy utiles, tmb aprendi condicionales y otras cosillas menos importantes y basicas.
Ahora quisiera saber como construir una web modular, por lo que se es una web con secciones por includes o algo asi, yo ya tengo mi plantilla diseñada a la perfecion en html y he probado copiando el codigo, guardandolo como php y metiendo includes() , lo malo es que a la hora de agarrar el documento php con el dreamweaver me aparece solo la seccion que tengo incluida y errores en el codigo: un marcado en amarillo "</head>" como que sobrara......pienso que debere meterle includes a las otras secciones (me refiero a estas secciones como en donde se organiza el menu, el contenido y los afiliados...3 columnas separadas)
aver si alguien me entiende...jej
saludos, genios