Hola:
Hay varias maneras con las cuales puedes crear sesiones persistentes con perl.
Lo puedes hacer manualmente, es decir, tu haciendo los cookies y destruyendolos, o también simplemente enviando un id en cada url para que reconozcas al usuario.
También existen un par de módulos que te pueden hacer la vida muy fácil y que te recomiendo:
Apache::Session http://search.cpan.org/~jbaker/Apach...1.6/Session.pm
Este módulo fue originalmente diseñado para funcionar en Apache y con mod_perl, es así como funciona mejor, sin embargo el módulo funciona en cualquier servidor. Usa un database, el cual tu escojes, para guardar las sesiones.
CGI::Session http://search.cpan.org/~sherzodr/CGI....95/Session.pm
Ese es otro módulo que te puede ayudar mucho y es bastante útil. Creo que para lo que necesitas este módulo podría ser tu solución, pues trabaja un tanto diferente a Apache::Session, pues esta diseñado para trabajar con aplicaciones de tipo de eCommerce.
Te recomiendo que leas las documentaciones de ambos módulos y que hagas algunas pruebas, ya después que veas los resultados escojas el que mejor se acomoda a tus necesidades.
SALUDOS