Hola, estás usando valigne="top" eso te lo centra arriba de todo...Debes usar middle
Si se puede utilizar height="100%" lo acabo de hacer con el DreamWeaver y lo veo bien...
Acá tienes el Code
Código:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
<title>Untitled Document</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
</head>
<body>
<table width="100%" height="100%" border="3" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tr>
<td height="100%" align="center" valign="middle">Logo</td>
</tr>
</table>
</body>
</html>
Espero que te sirva
Saludos