Hola, Gabriel
Antes de enviar o validar el formulario, llama a la función que compara las contraseñas:
Código HTML:
<head>
<script language="JavaScript" type="text/JavaScript">
function verif(formu)
{ if (formu.c1.value==formu.c2.value)
{ alert('las contraseñas coinciden'); return true }
else
{ alert('las dos contraseñas no son iguales'); return false }
}
</script>
</head>
<body>
<form>
Contraseña: <input type="password" name="c1">
<br>
Repite contraseña: <input type="password" name="c2">
<input type='button' value='Validar' onclick='return(verif(this.form)); MM_validateForm()'>
</form>
</body>