Ejemplo: mc1 con nombre de instancia "nube", el otro mc2 con nombre de instancia "rayo" (XD!!!).
En el 1 frame de tu movie principal pon:
Código:
stop();
this.createEmptyMovieClip("mcChoque",1);
mcChoque.onEnterFrame=function() {
if(_root.nube.hitTest(_root.rayo)) { rayo._visible=true; }
else { rayo._visible=false; }
};