Tu código me pareció medio confuso... probá con esto
Código PHP:
<?php
mysql_connect("localhost","root","") or die ("no se ha podido conectar a la BD");
mysql_select_db("latin") or die ("no se ha podido seleccionar la BD");
$sql = "SELECT id,archivo_nombre,archivo_tipo,archivo_peso FROM archivos";
$consulta = mysql_query($sql) or die ("No se pudo ejecutar la consulta"); ?>
<TABLE width="100%" border=2 cellPadding=3 cellSpacing=1 >
<TBODY>
<?
for ($a=0;$a<mysql_num_rows($consulta);$a++) {
$registro=mysql_fetch_assoc($consulta)
if ($a/3 == floor($a/3)) { echo "<TR>"; }
?><TD align=center><font color="#000000" size="1" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><? echo "<img src=\"ver_thumbnail.php?id=".$registro['id']."\">";?></font></TD><?php
if ($a/3 == floor($a/3)) { echo "</TR>"; }
}
?>
</TBODY>
</TABLE>