Tú mismo me diste la pista diciendo que sería controlando la duración de la sesión, así que investigando un poco encontré esto:
http://es2.php.net/manual/es/functio...kie-params.php
El 0 son los segundos que dura la sesión, y el $HTTP_SERVER_VARS["HTTP_HOST"] lo que hace es poner el nombre del dominio donde se aplica la cookie.
en cuanto a la pregunta de que dónde va esa línea, yo la pongo justo por debajo de la línea en la que empiezas la sesión:
Este es el principio de mis archivos:
<?
session_cache_limiter('nocache,private');
session_start();
session_set_cookie_params(0, "/", $HTTP_SERVER_VARS["HTTP_HOST"], 0);