Fijate con algo así:
  Código PHP:
    <?php
    
    if($_GET[start]) {
        $start = $_GET[start];
    } else {
        $start = 0;
    }
 
    $end = $start+20;
    
    $dir = opendir("phpmyadmin");
    $files = array();
    
    while($file = readdir($dir)) {
        if($file != "." && $file != ".." && !is_dir($file)) {
            $files[] = $file;
        }
    }
    
    for($n=$start; $n<$end; $n++) {
        echo $files[$n]."<br>";
    }    
 
    closedir($dir);
?>    
  Tenés que pasarle la variable start por url, y por defecto te muestra 20 archivos por página. Tendrías que chequear cuantos elementos tiene el array para poder crear los links de anterior y siguiente, pero bueno, primero veamos si eso te sirve. 
Suerte
Fede