Mira, todo va a depender de que tantas cosa tengas implicadas y como tengas estrucuturada tu arquitectura, pero en este caso por lo poco que veo, lo que yo haría es tener una tabla de mis usuarios, otra de roles, la de aplicaciones y la de usuarios-roles
algo así:
Cita: Users:
UserID,
nombre,
...
roles
RoleID,
RoleName
...
applications
AplicationID
NameApplication
...
UsersRoles
FK_UserID
FK_RoleID
FK_ApplicationID
Y listo.. con ello ya sabras a que tiene derecho cada usuario y por aplicación... ya sería cosa de que tu la termines de adaptar
Checalo y cualquier cosa por aqui andamos..
Salu2