Sólo se me ocurren dos cosas:
1. Que el Spyware haya modificado las propiedades del TCP/IP configurando manualmente sus DNS a las del servidor edonkey.
2. Que se han ido a hacer puñetas las Winsocks
Para el primer caso, revisa las propiedades del TCP/IP. Para el segundo hay un programa en la página del proyecto Emule que se llama Winsock repair. Bájalo e intenta por ahí.
A otra cosa que se me ocurre es que le hagas un ping al propio localhost (por si fuera problema físico).
Sería desde ventana de msdos: ping 127.0.0.1
comprueba que hace con los paquetes. Si los pierdes es, seguramente, un problema físico.
Salu2 y suerte