No, de hecho no deberas tener ningun problema, ZP soporta perfectamente programas para 95, 98, NT y 2000, aunque si te falla un driver lo mejor sera ponerle el que se utiliza para windows 2000 :)
Si tienes problemas de compatibilidad soo necesitas instalar la aplicacion, ir al menu inicio y en el icono que corresponde al programa dar click derecho, ahi te vas a compatibilidad y haces los ajustes (faciles) necesarios
en cuanto al sistema de archivos puedes utilizar FAT32 o NTFS indistintamente
Saludos
<iframe frameborder=0 scrolling=no width=100% height=96 src="http://www.narxiso.com/contador/frame.htm"></iframe>