Asi parece esta bien (no testeado).
Con respecto a lo del $i, $z, $wowww.... pues eso, dento del for() usas cualquier variable. $i no necesariamente se refiere a un entero.
Para simplificar el codigo te sugiero...
Código PHP:
$lineas = file($path_al_archivo);
$lineas = array_map("trim", $lineas); // para limpiar posibles espacios es blanco al final
cada linea
foreach ($lineas as $cada_linea) {
$arr[] = explode(" ", $cada_linea);
}
Saludos