Veamos... ¿tienes sistema de archivos NTFS? Entonces, la desfragmentación es un problema de poca monta. Con el desfragmentador de Windows tienes más que suficiente; realmente tiene poco interés desfragmentar, salvo casos extremos (comprueba que no notas diferencia entre el antes y el después de la desfragmentación).
Lo verdaderamente importante es tener los archivos del registro desfragmentados. Para ello es sufiente una pequeña utilidad como esta:
http://www.sysinternals.com/ntw2k/fr...gedefrag.shtml
y si no te gusta, aquí hay otra interesante (ntregopt):
http://www.larshederer.homepage.t-online.de/erunt/