En mysql puedes guardar la ruta del vínculo como cualquier otro dato. Para ello sólo tienes que darle el valor correspondiente al campo de la tabla en el que te interesa guardar el dato:
update tabla set campo="http://tudominio.com/tufichero.doc" where ...
o
insert into tabla (campo, ...), values ("http://tudominio.com/tufichero.doc", ...)
Para hacer que eso es un enlace en una página web sólo tienes que recuperar el dato de la base de datos y ponerlo como el valor de un vínculo <a>.
Un saludo.