No sé por qué haces esto o con qué fin:
global $binario_contenido; // ESTE VALOR NO LO ESTA OBTENIENDO
Debes saber que en PHP las variables "mueren" al terminar tu script .. así que de rotar_foto_preview.php a rotar_foto .. -a no ser- que propagues por el URL, por una cookie o sesión alguna variable de las que necesitarías usar entre uno y otro script .. no vas a obtener nada del anterior. (esto es lo básico de como funciona PHP y en general cualquier lenguaje del "lado del servidor" de este estilo).
Por otro lado en rotar_imagen.php ... debes hacer exactamente lo mismo que en el preview .. sólo que NO presentas nada al navegador= nada de header() .. pues no corresponde en ese script ...
Tienes que pasar a rotar_imagen.php también las variables que informan el "angulo" ..
header("Location: rotar_imagen.php?id=".$_GET['id']."&angulo=".$_GET['angulo']);
Hazte la idea que tienes que hace el mismo proceso que haces para el previo .. pero sin mostrar nada y con el código que hace el "ob_xxx()" para capturar el buffer de salida de pHP y dejarlo en una variable .. la cual irá a tu sentencia SQL de UPDATE .. que por cierto también tendrá que ser "condicianal" .. sino actualizaras toda tu BD con ese mismo dato (imagen rotada) (hazte copia de seguridad antes de probar nada de tus BD).
Código PHP:
$consulta_update = "UPDATE archivos SET archivo_binario = '$binario_contenido' WHERE id='".$_GET['id']."'";
mysql_query($consulta_update,$db_conn) or die("No se pudo actuzalizar los datos en la base de datos.");
Y esto como último proceso tras la aplicación de la función de rotado y captura de datos por el código de ob_xxx() ...
Un saludo,