Yo recomendaría instalar todo manualmente .. así cada vez que quieras actualizar algo en concreto .. como por ejemplo PHP o Mysql .. o Apache o lo que requieras .. sólo actualizas lo que necesites .. e incluso por ejemplo podrías tener funcionando PHP versión X y Mysql no sólo una versión sino la 4.x y 5.x simultáneamente para que pruebes ...
Un tutorial al respecto:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpmysqlap
Un saludo,