La función copy() de PHP no lee archivos recursivamente .. ni los que tengas en un directorio ni en subdirectorios del mismo ...
Pero, usando las funciones para lectura de archivos de un directorio y algo más .. podrías hacerte tu funcion copy() con esa funcionalidad .. como por ejemplo:
http://aidan.dotgeek.org/lib/?file=function.copyr.php
Un saludo,