Hola,
¿Quieres documentar tu web o tu codigo? es que dices
Cita: las paginas que contiene, los links, mapa del sitio, etc
y no nombras el codigo.
Si lo que quieres es documentar la estructura web (paginas y links), he visto usar UML, usando cada pagina como una clase, y los links entre paginas como "mensajes" entre clases.
Saludos.