Una cosa es el origen del que busca (google.es) y otra cosa es que el que busca restringa su busqueda. Si vas a las opciones avanzadas de busqueda de google, veras que puedes restringuir la busqueda a paginas de cierto idioma y de cierto pais. Lo mismo que puedes restringir la busqueda a paginas de un solo site con site:dominio.com.
Que en tus logs aparezca google.es o google.com.pe solo depende de lo que tenga el usuario en su barra de direcciones, ya que solo es la informacion de HTTP_REFERER estandard en HTTP. Es mas, si el usuario tiene configurado su navegador/firewall/proxy para que no envie la cabecera de HTTP_REFERER, en tus logs no aparecera nunca la pagina desde donde llega, y no sabras si viene de google, y no sera contada como una visita desde buscadores.
Como dices, si tienes una web comercial que solo sirve a nivel nacional (por ejemplo españa), mi consejo es comprar un dominio local (.es) o alojarse en un servidor nacional con un dominio generico (.com), o ambas cosas: comprar un dominio .es, alojarlo en un servidor nacional y comprar el mismo dominio generico .com redireccionado al .es. No creo que cara al posicionamiento haya diferencia entre un .es y un .com (quitando el detalle de las busquedas nacionales), pero parece que los usuarios todavia asocian internet con .com y no ven facil acordarse dominio.es, prefieren recordar dominio y probar como dominio.com. Todo sea para no perder a los potenciales clientes que usen la busqueda "paginas de españa".
Saludos.
PD:
Todos somos ignorantes de algo. Seguro que sabes muchas cosas que yo ignoro. asi que no hay nada que perdonar. Es mas, seguro que hay alguien que agradece tu "ignorancia", porque asi ha visto algo que ignoraba que ignoraba (quizas algun dueño de una web que no tenia ni idea de como funcionaba en google "paginas de españa").