Hola, gerson
¿Has probado a ver qué valor devuelve el charAt?
Así parece que funciona:
Código PHP:
<script>
var vocales="aeiouáéíóú"
function lee(x)
{
for (i=0; i<x.length; i++)
{
if ( vocales.indexOf(x.charAt(i)) !=-1 ) alert(x.charAt(i) + " es vocal")
else alert(x.charAt(i) + " no es vocal")
}
}
</script>
<form>
<input type="text" name="entrada">
<input type="button" value="Leer" onClick="lee(this.form.entrada.value)">
</form>