1) .. En PHP también puedes usar programación orientada a objetos (y mejor soporte de esta desde PHP 5) .. también puedes usar patrones y demás modelos de OOP.
El tema del "IDE" .. ya te comenté que uno de los más completos es el que ofrece Zend (Zend Studio) .. tiene de todo lo que puedes necesitar para un IDE. Sería cosa de que pruebes una demo.
2) No entendí por mi parte el término: interoperabilidad. Sobre el tema de web-services .. como standard que son .. los puedes implementar en PHP también y en consecuencia accederlos desde otros lenguajes (si es que generas el "servidor" en PHP) o usar PHP como "cliente" de un web-service servido por otro lenguaje/sistema.
3) .. No conozco en profundidad Java ni .NET .. así que por mi parte no te puedo comentar más de lo dicho sobre todo referente al soporte de OOP en PHP .. no es lo completo que pueda ser en Java (y no sé com será en .NET)
A todo esto .. recuerda que ".NET" no es un "lenguaje" por si mismo .. de hecho había un proyecto por ahí para incorporar a la tecnología .NET a PHP (momo creo que se llamaba). En .NET tienes ASP.NET que vendría a ser lo mismo que PHP usado para crear apliaciones web (bajo un servidor HTTP) .. tienes Visual.NET para crear aplicaciones de escritorio .. que en PHP sería "PHP-GTK" aunque aquí si que no hay punto de comparación; el desarrollo de PHP-GTK para crear aplicaciones de escritorio con GUI gráfico .. aunque cada día crece .. no llega todavía a lo que "Visual..." puede hacer. Y lo mismo referente a Java .. tienes JSP .. Applet Java .. y otras cosas relacionadas.
Si quieres ver comparaciones .. deberías buscar algo concreto .. por ejemplo:
PHP vs JSP vs ASP.NET por ejemplo .. pero no "Java" o simplemente .NET
Yo lo que siempre digo es que cada proyecto tiene su mejor lenguaje y modo de resolverlo. En algunos casos .. complicarte con "Java" no te valdrá la pena .. en otros sabes que usaras sistemas Windows y lo podrás hacer en .NET .. Pero en otros tal vez vas a tener que hacer algo que funcione en Linux y en Windows .. ahí usaras Java o PHP .. si hay problemas de recursos (tanto de servidores como de $$$) tal vez te venga mejor usar PHP. Como ya comenté también .. eso no quita que puedas usar en PHP por ejemplo programación orientada a objetos y diseñar tu aplicación como si lo hicieras para "java".
Creo que te interesaría ver estos sitios:
Patrones
http://docs.php.net/en/language.oop5.patterns.html http://www.phppatterns.com/
Un saludo,